Traditionell verwendet man die jungen Triebe oder die Blätter, die mehrmals im Jahr geerntet werden können, zum Würzen. Die Blätter haben ein leichtes Anis­aroma. Da der Gehalt an würzenden ätherischen Ölen kurz vor der Blüte am höchsten ist, werden die 20 bis 30 Zentimeter langen Triebspitzen zu diesem Zeitpunkt abgeschnitten.

Der infertile „Französische Estragon“ (Artemisia dracunculus var. sativa), als Synonym auch „Deutscher Estragon“ genannt, muss vegetativ vermehrt werden und ist frostempfindlich. Die Vermehrung erfolgt durch Wurzelteilung im Frühjahr und Ableger im Sommer. In den Gärtnereien wird meist die Samen produzierende Varietät „Russischer Estragon“ (Artemisia dracunculus var. inodora) angebaut, die Temperaturen bis −10 °C verträgt. Sie besitzt wegen des geringeren Gehalts an ätherischem Öl jedoch kaum Estragon-Aroma. Auch eine phytochemische Charakterisierung zeigt deutliche Unterschiede im Flavonoid-Fingerprint.

Estragon wird zur Aromatisierung von Essig und Senf, zum Würzen von eingelegten Gurken, von Geflügel, Reis oder gekochtem Fisch sowie bei der Saucen- und Marinadenherstellung (z. B. Sauce béarnaise), außerdem zum Würzen von Salat, Quark, Kräuterbutter und Suppen verwendet. Neben Petersilie, Schnittlauch und Kerbel gehört Estragon zu der klassischen französischen Kräutermischung Fines herbes.

In Georgien ist Tarchuna, eine Estragonlimonade, ein verbreitetes Erfrischungsgetränk.